Das atas seguintes se verifica que a 12 de Maio de 1611 d. Francisco ainda permanecia no sertão, em companhia de moradores de São Paulo e dos juízes Salvador Pires e Manuel Francisco e que a 5 de junho seguintes esses juízes já haviam regressado, não se falando de d. Francisco.
As Atas se calam. Por elas sequer sabemos quando exatamente ele morreu. E não sabemos, ainda hoje, onde foi enterrado. Por aproximação, estima-se que tenha morrido entre 10 e 11 de junho de 1611, em meio a uma epidemia que atingia a vila.
[26483] “Os companheiros de D. Francisco de Souza”. Francisco de Assis Carvalho Franco (1886-1953) 01/01/1929 [24461] “São Paulo na órbita do Império dos Felipes: Conexões Castelhanas de uma vila da américa portuguesa durante a União Ibérica (1580-1640)” de José Carlos Vilardaga 01/01/2010
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