Das atas seguintes se verifica que a 12 de Maio de 1611 d. Francisco ainda permanecia no sertão, em companhia de moradores de São Paulo e dos juízes Salvador Pires e Manuel Francisco e que a 5 de junho seguintes esses juízes já haviam regressado, não se falando de d. Francisco.
As Atas se calam. Por elas sequer sabemos quando exatamente ele morreu. E não sabemos, ainda hoje, onde foi enterrado. Por aproximação, estima-se que tenha morrido entre 10 e 11 de junho de 1611, em meio a uma epidemia que atingia a vila.
