Suzana Dias, a matrona bandeirante, representando a família dos Fernandes, doa um terreno na parte mais elevada do núcleo para a construção de uma capela em homenagem à Santana substituindo a anterior dedicada a Santo Antônio
Suzana Dias une-se em segundas núpcias com Belchior da Costa, do qual não teve filhos e que em 1610 também recebe uma sesmaria na região de Parnaíba. Nesta oportunidade, a matrona bandeirante representando a família dos Fernandes, doa um terreno na parte mais elevada do núcleo para a construção de uma capela em homenagem à Santana substituindo a anterior dedicada a Santo Antônio arruinada na várzea do Rio Tietê. Provavelmente consagrada em 26 de julho, data de comemoração da santa, a nova igreja marca o momento em que o arraial passa a ser conhecido como Santana de Parnaíba.
A igreja foi originalmente erguida por volta de 1560 como uma capela, de estrutura de pau-a-pique e folhagens. Foi a primeira construção religiosa da cidade e foi dedicada a Santo Antônio. Em 1580, outra capela foi construída, dessa vez, para Sant´Ana.
Já no século XVII, em 1610, ergueu-se uma terceira capela. Porém, só em 1625 que a igreja virou matriz, que ficou conhecida como Paróquia de Sant´Ana. O edifício atual é datado de 1882.
A última vez que a igreja passou por um processo de restauração foi entre os anos de 1994 e 1997.
