O mistério continua, pois, da metade do século XIX para frente, sempre que o Mosteiro é citado, é-o como “em ruínas”: em 1860, ele é dado como acabado. Mesmo assim, em 1872, ainda se celebravam missas no Mosteiro arruinado. Em 1880, os párocos ainda o habitavam. Graças a alguns pontos identificados nas Atas da Câmara de Parnaíba no século XIX, entretanto, pode-se saber hoje com quase certeza que ele ficava ao lado das casas que, estas sim, sabidamente pertenciam ao Mosteiro e ainda de pé após terem servido de Grupo Escolar em finais do século XIX e princípios do século XX, dando frente, como o mosteiro, para a rua Suzana Dias e para o largo e fundos para a várzea de São Bento, que ficava onde hoje está a rua 15 de Novembro e a Estação Rodoviária. No seu local hoje há uma casa edificada.8