O clero secular, a impressão que deixou em Nóbrega foi claramente negativa. O jesuíta encontrou seus membros imersos em absoluta irresponsabilidade. Em carta escrita da Bahia já em 15 de abril de 1549, afirma (2000:26): “Cá há clérigos, mas é a escória que de lá vem”. (Em cartas escritas a 11 de agosto (2000:89), 13 (2000:92) e 14 de setembro de 1551 (2000:98) ele é ainda mais severo em seu juízo sobre aqueles clérigos.) Deles, portanto, não se tem nenhuma notícia de deliberada contribuição seja quanto à língua geral, seja quanto à difusão do português.
Um outro trecho epistolar de Nóbrega confirma essa sua convicção de mais rápida aprendizagem da língua tupi pelos falantes do idioma basco. Em carta escrita da Bahia a 15 de abril de 1549 ele sugere a vinda de “mestre João” ou Mosen (ou Misser) Juan de Aragão, como explica Serafim Leite em nota de rodapé:
“Também me parece que mestre João aproveitaria cá muito, porque a sua língua é semelhante a esta”. Por ser aragonês, presumese que esse jesuíta falasse o idioma basco, já que o dialeto aragonês era falado no antigo reino de Aragón e Navarra, como explica Tagliavini (1993:583):
“otro dialecto importante es el aragonés, que en parte se funda historicamente en el antiguo reino de Aragón y Navarra, pero que recibió gran influencia del castellano”.
Em 15 de abril de 1549, Nóbrega escreveu, da Bahia, ao Padre Simão Rodrigues, o Superior Provincial da Companhia de Jesus, em Portugal. Nóbrega relatou que já existiam clérigos na Bahia e que as raízes (provavelmente mandioca), com as quais se faziam pães, foram trazidas por São Tomé, conforme a tradição local. Nóbrega ainda escreveu: "Estão daqui perto humas pisadas figuradas em huma rocha, que todos dizem serem suas. Como tevermos mais vagar, avemo-las de ir ver".
