Resolveu então, o Conde de Monsanto VII vender as terras das Capitanias (Santo Amaro e Santa Ana). José de Góis de Morais, Cavaleiro Fidalgo da Casa Real, filho do Capitão-mor Governador Pedro Taques de Almeida, intentou (através de procuradores em Lisboa) comprar pelo preço de 40.000 ducados mais 5 mil liras, as cinquenta léguas que tinha por costa pertencente ao Conde de Monsanto (englobando as dez léguas da Capitania de Santo Amaro).Alertado o Rei de Portugal (D. João V), foi feita uma proposta ao Conde de Monsanto oferecendo igual quantia em dinheiro paga pela Fazenda Real e ficasse as ditas capitanias incorporadas à Coroa Portuguesa, e consequentemente ao Patrimônio Real. Oficializada por Alvará de Compra emitido em 22 de Outubro de 1709.Assina-se a respectiva Escritura de Compra e Venda, na data de 19 de Setembro de 1711. Sendo a Escritura definitiva lavrada perante a Câmara da Vila de São Paulo, a 25 de Fevereiro de 1714.Os controversos limites entre as capitanias (São Vicente e Santo Amaro), quanto a divergente sucessão de herdeiros donatários permitiu aos descendentes de Martim Afonso e Pero Lopes de Souza (que se julgavam mandatários) nomear indistintamente Capitães-mores, ouvidores, dentre outros. Essas nomeações indiscriminadas de administradores para o mesmo cargo tirava aos seus respectivos detentores a responsabilidade do exercício de autoridade, restringia suas ações de empreendimento e deixava a Capitania instável de governo. Isso prejudicou a ampla ocupação da Ilha, tanto como o efetivo desenvolvimento da Capitania Santo-amarense.