Em 1605, obtém uma carta da Câmara de São Paulo que o autoriza a buscar sua família em Nova Granada, seguindo pelo caminho proibido de São Paulo ao Paraguai. Na autorização, atestam-se os bons serviços que teriam sido prestados por Pinheiro, distribuindo datas de minas e aplicando o regimento mineral. (ANA, CyC, 1549) [https://brasilhis.usal.es/pt-br/node/357]

Este regimento, supostamente inspirado em D. Francisco, de que fala Clemente, já causou certa dúvida na historiografia quanto à sua efetiva aplicação em São Paulo. Wilhelm Ludwig von Eschwege (1777-1855) dizia que ele ficara perdido na Espanha por 50 anos, sendo de fato registrado em São Paulo e Rio de Janeiro apenas em 1652. Varnhagen, Visconde de Porto Seguro (1816-1878), por outro lado, afirmava que ele havia sido registrado em Iguape já em 1605.

Em 1606 – estimada data da carta apócrifa - Clemente compareceu à Câmara de São Paulo para registrar algumas minas que tinha descoberto e, desse modo, não perder os direitos sobre elas, observando o que determinava o novo Regimento das Minas de São Paulo

Este regimento, supostamente inspirado em D. Francisco, de que fala Clemente, já causou certa dúvida na historiografia quanto à sua efetiva aplicação em São Paulo. Eschwege dizia que ele ficara perdido na Espanha por 50 anos, sendo de fato registrado em São Paulo e Rio de Janeiro apenas em 1652. ["SP na órbita do Império dos Felipes: Conexões Castelhanas de uma vila da américa" p.178]