Em vez de participar de missões na Europa e no Oriente, ele teria optado por desbravar novos mundos. A presença de São Tomé na região vem de relatos escritos por jesuítas portugueses que chegaram entre 1502 e 1506. Os religiosos encontraram os índios guaranis com idéias monoteístas e noções de catolicismo. Os ensinamentos eram atribuídos pelos guaranis a um tal de Pai Sumé, descrito por eles como um homem alto de barbas brancas e roupas de linho e cinto de couro. Seria, segundo jesuítas, o apóstolo Tomé.
Nenhum de nós escolhe o nosso fim, na verdade. Um rei pode induzir um homem, um pai pode assumir um filho, mas lembre-se disto, mesmo que aqueles que o induzirem forem reis ou homens de poder, sua alma pertencerá apenas a você. Quando estiver perante Deus não poderá dizer mas outros ‘me disseram para fazer isto‘ ou que a virtude não era conveniente no momento não será suficiente.