Além das duas vilas e doze reduções religiosas, a região ainda contava com os chamados “pueblos de naturales”, que funcionavam sob administração de clérigos ou leigos, e eram localizados nas proximidades das encomiendas. Eles eram os grandes fornecedores da mita e sua preservação foi alvo constante das preocupações dos encomenderos guairenhos. No ano de 1629, por exemplo, o procurador de Villa Rica solicitou ao governador a demarcação das jurisdições entre as reduções civis e jesuíticas, e o mestre de campo da mesma localidade, Rodrigo Ortiz de Melgarejo, pedia-lhe que não atendesse à demanda de alguns caciques para se libertarem das encomiendas tornando-se “en cabeza de su magestad”. Suspeitava-se, inclusive, da influência dos jesuítas, que tentavam minar as reduções sob controle dos encomenderos. [p. 216]
