Porém, os primeiros frades de Santo Antônio chegaram em São Paulo em 1639, representados pelo custódio Frei Manuel de Santa Maria. Sobre essa passagem por São Paulo, há uma referência nas Atas da Câmara, da reunião do dia 26 de novembro, sobre a escolha e doação de um terreno para os frades de Santo Antônio e do aviso aos proprietários sobre a avaliação e indenização desse espaço contíguo à ermida, o argumento da "desapropriação" da propriedade era de que a construção da igreja era visto como para serviço de Deus e para o bem comum.