Em 1556, durante o Governo Geral, foi doada a Antonio Rodrigues de Almeida uma sesmaria cujas terras partem do Rio das Pedras, até o Rio Pilões; essa sesmaria foi adquirida em 1643 pelos padres da Companhia de Jesus, sendo o embrião da Fazenda Geral dos Jesuítas, também chamada de Fazenda Geral do Cubatão.

As terras jesuíticas margeavam o Rio Cubatão, o que lhes dava controle sobre a navegação fluvial que ligava a escarpa da Serra do Mar e o Porto de Santos: em realidade, com o tempo, os jesuítas passaram a controlar o comércio (essencial) entre o Planalto e os corredores de exportação e importação – os jesuítas tiveram a brilhante ideia de cobrar pela passagem fluvial, além de alugar botes e canoas que faziam a passagem entre a Ilha de Goiaó e o Cubatão.