No seu segundo governo, D. Francisco de Souza esteve em São Paulo em novembro de 1609 para registrar um grande número de alvarás, provisões e ordens régias e seguiu logo para Araçoiaba, com o propósito de reanimar o empreendimento metalúrgico e mineiro alí em decadência. A povoação espontânea que começara a desenvolver-se junto ao morro foi incentivada por D. Francisco de Souza que, também, procurou incrementar a produção de ferro. Nessa sua viagem de volta e incursão, se fez acompanhar de Cornélio de Arzão, natural de Flanders, que veio com a missão especial de construir os engenhos das minas, mediante o salário anual de 200 cruzados. Empreendedor e ativo, Arzão, em 1610, construiu a Igreja Matriz de São Paulo e foi o primeiro que, em 1613, introduziu nos campos de Piratininga a lavoura de trigo e construiu um moinho no Anhangabaú. Arzão, tronco de numerosa e notável descendência, teve vida ativa e atribulada, sendo excomungado em 1618, encarcerado e seus bens sequestrados.
Anos depois, em 1618, Cornélio de Arzão teve a infelicidade de incorrer no desagrado dos padres da companhia de Jesus, pelo que foi excomungado, e como conseqüência sofreu prisão por muitos anos e seqüestro de seus bens, que foram arrematados no ano de 1620 em praça pública, sendo juiz da execução Custódio de Paiva e escrivão Simão Borges Cerqueira, como tudo consta do respectivo processo, que tivemos entre mãos.
Em 1620, por "pertencer à religião reformada", foi excomungado pelos padres da Companhia de Jesus, tendo todos seus bens confiscados, que eram, para o tempo, elevados. Permaneceu encarcerado pela Inquisição por muitos anos.
