Aguardando que o capitão-mór os viesse acompanhar na entrada contra os nativos do sertão do Mogí, ora a indagar se receberiam auxílio dos de Santos e de São Vicente ou de pediriam aos do Rio de Janeiro, reuniram-se mais uma vez a 22 de maio de 1595 aqueles angustiados moradores da vila de São Paulo de Piratininga
Nessa incerteza em que andavam desde que em 1592 fôra Afonso Sardinha nomeado capitão da gente da vila, ora aprontando-se para partirem desde logo; ora aguardando que o capitão mór os viesse acompanhar na entrada contra os índios do sertão do Mogí, ora a indagar se receberiam auxílio dos de Santos e de São Vicente ou se o pediriam aos do Rio de Janeiro, reuniram-se mais uma vez a 22 de maio de 1595 aqueles angustiados moradores da vila de São Paulo de Piratininga.
Alí estavam na Câmara juízes e vereadores e o procurador do Concelho, com o capitão Afonso Sardinha à frente, e alguns homens da governança da terra e outros moradores. Queriam saber se era bem requererem ao capitão mór Jorge Correia, também presente, que "se fizesse guerra com brevidade" e se conveniente seria impedirem a ida de uma canoa que o mesmo capitão queria enviar ao Rio de Janeiro, tendo em vista "a dilação" que daí proviria, pela distância que os separava. E que se os moradores de Santos e de São Vicente não quisessem vir, que Jorge Correia acompanhasse o povo de São Paulo ao qual se juntariam os moradores de Itanhaém e índios da terra.
Houve o capitão mór de prometer que "com brevidade faria a dita guerra e não levaria mão dela e nem sairia da vila", mas desenhava, para garantia e "satisfação de seu cargo e ofício", dessem-lhe um documento de todo o combinado. Concordaram os oficiais da Câmara, assinando eles e mais Afonso Sardinha.
Não consignam os documentos ou sejam as atas da Câmara, quando e quais as peripécias dessa entrada dos paulistas, ocasião em que teriam desbaratado o índio que os ameaçava e lhes roubava principalmente a tranquilidade. Consta da patente passada por dom Francisco de Souza a favor de Sebastião de Freitas, armado cavaleiro, que acompanhara no ano de 1594,
"ao capitão Jorge Correia ao sertão desta capitania a dar guerra ao gentio inimigo... vindo a esta vila de São Paulo a dar-lhe guerra e pô-lo em cêrco".
Iniciava, assim, sua viagem rumo à capitania de São Vicente. Como já dissemos, fora para lá formalmente atraído em função das notícias de descobertas de ouro e prata nas minas de Jaraguá, Viraçoiaba e Vuturuna, nas cercanias da vila de São Paulo, todas elas com participação ativa de Afonso Sardinha, pai, e Afonso Sardinha, o moço, por volta de 1595.
A certeza da existência de metais preciosos no Brasil parecia tão grande que, ainda mesmo na Europa, o governador providenciara o provimento de ofícios para o setor mineral, como o de provedor das minas para o castelhano Agostinho de Soutomayor, que já havia estado em Monomotapa; o de feitor das minas para João Correia; o de fundidores para Gaspar João e seu filho Manoel João, e o de operários especializados das minas para Manuel Simão e Manuel Rodrigues.
Além desses, lembremos dos vários mineiros e engenheiros que acompanharam o governador em sua viagem, e podemos perceber que D. Francisco veio ao Brasil com o objetivo bastante claro de encontrar as tais minas, inicialmente inspirado nos projetos de Gabriel Soares e, mais tarde, seguindo os indícios vindos da capitania de São Vicente.
Suspeita-se que, desde as primeiras notícias das descobertas, D. Francisco estivesse predisposto a ir às capitanias do sul, visto que, já em 1595, o governador enviou a São Paulo Sebastião de Freitas, que havia percorrido com Gabriel Soares o sertão do São Francisco, e também o fundidor de ferro Manoel João.
De fato,Francisco de Souza atuou, pela primeira vez, na instância dos ofícios da capitania de São Vicente ainda em 1595, quando mandou que o capitão-mor, loco tenente de São Vicente, Jorge Correa, fosse à Bahia preso para averiguação de algumas denúncias que pairavam sobre ele. Para seu lugar, o governador-geral nomeou João Pereira de Souza, um dos homens que, mais tarde, lideraria uma das entradas ao sertão a mando do governador.
