Acredita Pedro Taques que D. Francisco só chegou em São Paulo em novembro de 1609. Existe, entretanto, uma escritura de sociedade para a fundação de uma fábrica de ferro datada de 26 de fevereiro desse ano, em que um dos sócios é o Marques das Minas. Isto parece demonstrar que, logo após sua nomeação, partiu o administrador geral de Portugal, para o Brasil, onde chegou em princípios de 1609.

(...) Já eram conhecidas outras minas, como já vimos; e para aproveita-las foi celebrado por escritura de 26 de fevereiro de 1609, em notas do tabelião Simão Borges de Cerqueira, um contrato de sociedade entre o marques das minas, o provedor da fazenda Diogo de Quadros e o cunhado deste Francisco Lopes Pinto. [Revista do Instituto Histórico e Geográfico de São Paulo, 1998. Página 33]