Ainda em vida do P. Leonardo Nunes se avançou na direção do sul. Iniciou ele próprio viagens, indo recolher umas senhoras naufragadas no Rio dos Patos. Fora a pedido de Tomé de Sousa, estava para lá no dia 10 de março de 1553, e já tinha voltado a 15 de junho. Neste dia, escreve Nóbrega que estão todos de saúde, "salvo Leonardo Nunes, que veio muito doente do Rio dos Patos, aonde foi buscar umas senhoras Castelhanas, a pedido do Governador".
O Padre Manuel da Nóbrega chegou à capitania de São Vicente em 1553, quando já havia três anos Leonardo Nunes, o famoso Abaré-bebé, padre-voador, exercitava o seu fecundo ministério. Pernambuco ao norte e São Vicente ao sul formavam no Brasil os dois primeiros núcleos de povoamento, com a Baía no centro, capital, religiosa e política.
Sem a intenção de fundar no sul do Continente um império temporal, com os tupis na orla do Atlântico e os guaranis no sertão do Paraguai, os Jesuítas compreenderam bem cedo o basto campo de almas a salvar para Jesus Cristo, o qual se lhes abria em frente como um leque, povoado por inúmeras tribos, seara promissora para o celeiro espiritual da igreja.
Essa região imensa, com um solo feracíssimo e clima feliz, seria a sede futura das maiores aglomerações humanas na América do Sul - Rio, São Paulo, Buenos Aires, quem sabe mesmo se em tempos não longínquos o refugio da civilização cristão.
Não era mister que os primeiros missionários lançassem tão longe na história as suas considerações; mas o certo é que, temperamentos de apóstolos generosos, queriam as suas redes a arrebentar de peixes, e davam a cada alma, a uma só por ele redimida das trevas do paganismo, o preço real e infinito: o sangue de Cristo.
Nóbrega sonhou com a jornada e a fundação do Paraguai. Foi, com Leonardo Nunes, o bandeirante das almas, o que ouviu a voz dos rios a correr para os sertões infinitos do (incompressível): "vem, vem comigo para dentro do continente em busca de recônditos tesouros!" Quanta semelhança entre o bandeirante e o jesuíta no chamamento para o sertão! Um e outro, embora livres, têm a obediência instintiva, incoercível, ao chamado geográfico para o interior. Um é o fundador da pátria terrena, outro, ergue sobre esta a Cidade de Deus.
Noutros países das Américas e do Oriente houve descobridores, povoadores, conquistadores, Bandeirantes, não. Houve também missionários, apóstolos, jesuítas, São Francisco Xavier, mesmo. Jesuítas, bandeirante, Nóbrega e Anchieta, não. O próprio sistema das reduções jesuíticas em terras de Castela seria, depois, algo bem diversos dos aldeamentos brasileiros.
Eis que, na verdade, Portugal e Espanha são dois povos irmãos, mas não se confundem; o império colonial português é irmão do espanhol, e as vezes antagônico, enquanto se não fixam os limites, mas nunca senão artificialmente confundido com ele.
Esta verdade, ao lado que se refere à península Ibérica, a gente portuguesa bem cuidou de publicá-la aos quatro ventos nas comemorações das dois centenários, a que se associou a nossa gente representada pelo que a defende melhor: as as almas e as letras.
Ora, o padre Nóbrega possuía assas elementos para inteirar-se da existência de povos imensos e bons no centro sul-americano. Espanhóis e portugueses bem sabiam que do Atlântico se chegaria ao Pacífico e vice-versa. O rio da Prata foi assim chamado, porque suas nascentes deveriam remontar ao império dos Incas.
Obedecem a um instinto ou serão instrumentos da Providência esses degredados portugueses e aventureiros castelhanos que fazem a pé o trajeto de São Vicente ao Paraguai? Demais, esses tupis do Atlântico que se comunicam com os guaranis do interior, e os habitantes das matas que, ao espiarem do alto da Paranapiacaba o mar, o verde mar bravio de nossa terra, não emudeciam mas se faziam entender, tudo isso podia deixar indiferente a outrem que não a Nóbrega.
É seu Tomé de Souza que o impede de partir. A 15 de junho de 1553, relata ao padre Luís Gonçalves da Câmara porque não seguira ainda:
"... a principal causa de todas para atrapalhar foi fechar o caminho por causa de os castelhanos, que estão a pouco mais de 100 léguas desta capitania. E tem-se por certo haver muita prata nessa terra, e tanto que dizem haver serras delas, e muita notícia de ouro, cujo serro está neste caminho..."[“Peabiru”, 10.1971. Hernâni Donato do IHGSP. Página 12]
Porém foi barrado pela prudência de Tomé de Sousa, que via neste futuro trabalho missionário uma violação ao Tratado de Tordesilhas, podendo criar problemas com Castela. A solução foi instalar-se, a meio caminho, no planalto de Piratininga, deixando para mais tarde o missão junto aos Carijó. [NÓBREGA, Carta de 15.06.1553 (In: LEITE, NCJ, p. 41). “Os Tupi de Piratininga: Acolhida, resistência e colaboração”, 2008. Benedito Antônio Genofre Prezia, PUC-SP. Página 160]
