Em 1555, voltou a São Vicente e, em 1556, viajando o padre Manoel de Nóbrega para a Bahia, deixou-lhe a cargo escrever cartas de edificação e de notícias para a Companhia de Jesus na Europa. Após seis anos de permanência em São Vicente, Anchieta enviou ao Prepósito Geral Diego Laynes em Roma, em 31/5/1560, um extraordinário estudo sobre a fauna e a flora, o que lhe fora dado ver na "parte do Brasil que se chama São Vicente".