É a cidade mais antiga do litoral norte. Antes da colonização portuguesa, a região de São Sebastião era ocupada por índios Tupinambás e Tupiniquins, sendo a serra de Boiçucanga uma divisa natural das terras das tribos.

A ocupação portuguesa ocorre com o início da História do Brasil, após a divisão do território em Capitanias Hereditárias. Em 1608, aproximadamente, João de Abreu e Diogo de Unhate alegando "estarem na Capitania há muitas décadas, serem casados, terem filhos e terem ajudado às suas custas, nas guerras contra franceses, ingleses e índios inimigos" obtiveram sesmaria em São Sebastião sendo eles os sesmeiros que iniciaram a povoação com agricultura, pesca e alguns engenhos de madeira de cana-de-açúcar sendo, pois, os responsáveis pelo desenvolvimento econômico e a caracterização como núcleo habitacional e político. Isto possibilitou a elevação do povoado à categoria de vila em 16 de março de 1636 e a emancipação político-administrativa (elevação à categoria de cidade) em 20 de abril de 1875. [IBGE]