Retornou a Lisboa em 1796 para assumir a Secretaria de Estado dos Negócios da Marinha e Domínios Ultramarinos, tendo criado o Corpo de Engenheiros Construtores, a Junta de Fazenda da Marinha e a Sociedade Real Marítima.[4] «As suas funções governativas ultrapassavam em larga medida o âmbito ministerial e cedo conquistou lugar preponderante no gabinete do Príncipe Regente D. João VI. Não surpreende, por isso, a quantidade e qualidade das duas propostas sobre matérias financeiras - dada a difícil conjuntura que o país atravessava - cujo reconhecimento lhe proporcionou o exercício do cargo de Presidente do Real Erário entre 1801 e 1803.Em virtude da oposição de membros do governo favoráveis à aliança política e militar com a França, demitiu-se em 1803, afastando-se da vida pública, retornando ao governo em 1807 como conselheiro de D. João VI, sendo considerado um dos principais articuladores do alinhamento aos ingleses e da transferência da corte para o Brasil, onde foi nomeado para a Secretaria de Estado dos Negócios Estrangeiros e da Guerra