A nova colônia, inicialmente batizada de Nova Castilha em 1532, mudou de nome para Vice-Reinado do Peru em 1544. Com sede em Lima, o poder colonial espanhol passou a usar a mita dos Incas como forma de exploração sistemática da população local, e a esse sistema foi acrescentada a encomienda, nome dado à concessão de determinados grupos de nativos, submetidos à servidão perpétua, a um nobre espanhol e seus descendentes.