Faleceram alguns nativos e o próprio Padre Pedro da Mota. Depois de 12 dias de doença e de receber os Sacramentos, expirou numa terça-feira, 30 de maio de 1628. No mesmo dia foi enterrado na capela da igreja, defronte do altar, em um caixão de cedro.
"E assim confiamos lhe terá o Senhor dado o prêmio de seus trabalhos, em particular deste último, que por amor e por obediência e bem do próximo, padeceu até das a vida", escreveu o Padre Carneiro.
O chão de Laguna, que já recebera o corpo de Frei Bernardo de Armenta, recebia agora o do Padre Pedro da Mota.
Os padres encetaram a viagem de retorno, levando consigo mais de 400 nativos. Quando estavam na Ilha de Santa Catarina, receberam notícias assustadoras sobre os escravistas, os preparativos da expedição de Manuel Preto e Antonio Raposo Tavares, tormenta que em breve iria abalar toda a Capitania de São Vicente e o trabalho missionário, que praticamente seria destruído.
