Faleceram alguns nativos e o próprio Padre Pedro da Mota. Depois de 12 dias de doença e de receber os Sacramentos, expirou numa terça-feira, 30 de maio de 1628. No mesmo dia foi enterrado na capela da igreja, defronte do altar, em um caixão de cedro.
"E assim confiamos lhe terá o Senhor dado o prêmio de seus trabalhos, em particular deste último, que por amor e por obediência e bem do próximo, padeceu até das a vida", escreveu o Padre Carneiro.
O chão de Laguna, que já recebera o corpo de Frei Bernardo de Armenta, recebia agora o do Padre Pedro da Mota.
Os padres encetaram a viagem de retorno, levando consigo mais de 400 nativos. Quando estavam na Ilha de Santa Catarina, receberam notícias assustadoras sobre os escravistas, os preparativos da expedição de Manuel Preto e Antonio Raposo Tavares, tormenta que em breve iria abalar toda a Capitania de São Vicente e o trabalho missionário, que praticamente seria destruído.
Na Ilha chegaram dois patachos, afora um que já por ali se encontrava, carregados de quase 50 compradores de carijós. Olharam os padres com ódio, mas conformados, pois esses nativos, que com eles iam, ainda não tinham sido pagos. [A Evangelização em Santa Catarina. Parte I: Vida e Morte no Mundo dos Carijós (1500-1650), 1996. Padre José Artulino Besen, professor de História da Igreja. Página 70, 12 do pdf]
