A 13 de janeiro de 1624 comparecia novamente em Câmara Manuel João Branco a regularizar sua situação de superintendente dos nativos das aldeias da capitania, conforme constava da provisão passada pelo Governador Geral e já registrada pela Câmara.

Não sabia como tornar eficientes tais faculdades. Não tinha si quer oficial para as suas diligências; pedira-o á Câmara e esta fizera ouvidor de mercador; não faziam os nativos o menor caso de sua autoridade; alguns até dela riam; assim pedia a S. Mcês., que chamassem á sua presença o nativo Braz, da Aldeia de São Miguel, para o repreender e ensinar-lhe que quem mandava era ele Manuel João.

Dos moradores, de quem requisitara a enrega de metade da gente forra para o serviço das minas, não se fazia também obedecido e no entanto estava S. Majestade, á espera de seus quintos! Enfim, tal a má vontade da parte dos poderes municipais, que havendo ele, Manuel João, angariado um escrivão, querendo servir de graça, certo Manuel da Cunha, tinham-no repelido S. Mcês. os vereadores do ano transacto.

Declararam os de 1624, estar prestes a "dar ajuda e favor" ao queixoso, embora afirmando que na sua opinião fôra cabalmente cumprida, pela Câmara passada, a provisão do queixoso. [História Geral das Bandeiras Paulistas, 1924. Afonso d´Escragnolle Taunay (1876-1958). Páginas 293 e 294]