Os dois primeiros livros de João Manso Pereira revelam sua preocupação em aliar o que hoje chamaríamos de química fundamental com seus aspectos práticos e econômicos. Ao enveredar, no entanto, numa tentativa ambiciosa de produzir ferro no Brasil, não teve o êxito com que sonhava, apesar do apoio decisivo que obteve da coroa portuguesa. Esse pode ser verificado pela carta régia mandada em 1799 pelo Príncipe Regente D. João ao Governador da Capitania de São Paulo, Antônio Manoel Castro e Mendonça. Na carta, referia-se D. João aos "grandes e úteis resultados que soube tirar das minas de ferro de São Paulo o hábil químico e metalúrgico João Manso Pereira, e que se patenteiam no vaso de ferro coado, e no aço", enviados ao príncipe. Por isto, ele agora ordenava ao governador proceder "em companhia e debaixo da direção do mesmo João Manso ao exame do lugar onde melhor se poderá estabelecer uma fábrica de ferro com fornos para fundir e coar o ferro, e para depois o preparar, assim como também para o reduzir a aço, por meio da cimentação". Após instruções minuciosas ao governador envolvendo assuntos técnicos, a desapropriação de terrenos e obtenção de mão-de-obra adequada, dizia o Príncipe Regente:
"dando-me por muito bem servido dos esforços que tem feito e dos que espero faça para realizar tão grandes vistas, vos ordeno que por essa capitania ou pela de Minas Gerais e Rio de Janeiro, quando nelas se achar, lhe sejam pagos anualmente oitocentos mil réis além das despesas que mostrar ter feito... ".
Não obestante todas as suas habilidades de autodidata, o projeto de obter ferro não surtiu efeito. Eschwege, em seu "Pluto Brasiliensis", publicado em 1833, descreve com ironia o ocorrido:
"em 1801, um certo João Manso, mulado de nascimento, tendo extraído dos livros alguns conhecimentos químicos e, portanto, segundo modo de pensar dos portugueses e brasileiros, devia estar habilitado para fabricar ferro, obteve do governo a incumbência de construir um novo forno de fundição. Devia ser auxiliado pelo irmão do conhecido mineralogista Andrada, que fora nomeado inspetor das minas, em virtude de ter traduzido a mineralogia de Bergmann, em Portugal".
Construíram eles um alto forno de tijolos, nas terras do capitão-mor de Sorocaba e assentaram um fole manual, certos de terem feito o necessário para dar início à fundição. Várias das mais importantes pessoas das vizinhanças foram convidadas como para uma grande festa. Como é fácil de prever, apesar de acionarem o fole e descarregarem carvão e minério no forno, nenhum ferro apareceu no cadinho. João Manso e o inspetor fugiram às escondidas dali, e os convidados, indignados, tiveram de voltar para suas casas. Foram feitos todos os esforços para se chegar a um resultado, porém inutilmente. João Manso, homem de muito tino, que mais tarde vim a conhecer, ria-se gostosamente de que, para fabricar ferro em grande escala, não bastavam conhecimentos de quíica. [*João Manso Pereira, químico empírico do Brasil colonial, 1992. Carlos A. L. Filgueiras. Departamento de Química, UFMG. Página 3 do pdf]
