A partir do estabelecimento do Rio Grande - assim como da importância da ilha de Santa Catarina como escala para a defesa da Colônia - a indefinição de atribuições acerca de a qual dos governos - Rio ou de São Paulo - deviam ficar subordinados os novos territórios, apresentava-se como um problema latente. Gomes Freire escrevia à Corte em 1737 dizia que "a parte da Capitania de São Paulo que borda a marinha e Costa do Sul está tão falta de interesses que vivem em grande pobreza a maior parte dos seus moradores (...) que reconheci em esta guerra quanto será conveniente esteja debaixo de um só mando toda a marinha até a Colônia".