Chegou a São Paulo depois de 10 de abril de 1599, diz Capistrano. Por provisão de 27 de maio de 1599 deu licença de minerar aos que pagassem o quinto do metal extraído. Saindo Pedro Taques, já partira para as minas a 23 de maio.
É difícil reconstituir-lhe os pagos em São Paulo. Em 24 de março de 1600 e a 27 de julho de 1601 estava em Santos. Em 26 de junho de 1600, armando cavaleiro Sebastião de Freitas, fala na minas de Biraçoyava e outras por onde andou e na ilha de Santos por ter novas de andarem por São Sebastião quatro velas inimigas.
Em 11 de fevereiro dá providências sobre o ouro, proibindo que circule em pó e determinando que fosse reduzido a barras com as armas reais. Anuncia a sua partida a 14 para Monserrate (Ipanema) onde quem quisesse poderia tirar ou mandar tirar ouro, pagando o quinto.
Até julho de 1601 por três vezes desceu á costa. Nesse mesmo ano armou cavaleiro Antonio Raposo. Em 19 de julho estava em São Paulo, onde deu regimento a Diogo Gonçalves Laço proibindo a mineração exceto a Afonso Sardinha pai e filho, até chegarem os mineiros esperados do reino. Na mesma data deu regimento á expedição de André de Leão que vai procurar metais no sertão.
Ai declara que vai para a Bahia e consigna que foi em São Paulo que pela primeira vez, mediante o favor de Deus, descobriu as minas. Apesar de ter deixado o Governo, continuou ainda alguns anos em São Paulo, "faltando-lhe coragem de desprender-se daquela terra", diz Capistrano.
A 9 de agosto de 1603 D. Francisco do interior com sua gente e em dezembro foi com ela ás minas de Monserrate. (Capistrano. Notas, a fr. Vicente do Salvador. P. 257). [Páginas 172 e 173]
