Os jesuítas das missões estavam ligados com a Inquisição de Lima, eram seus homens de confiança e encarregados pelos inquisidores limenos de fiscalizar, perseguir e excomungar os hereges “conversos”. Um exemplo bastante elucidativo da relação dos jesuítas com a Inquisição é o caso do superior das reduções, Diogo de Alfaro, nomeado comissário do Santo Oficío da Inquisição de Lima e incumbido de encontrar os hereges, puni-los e excomungá-los. Os bandeirantes o mataram [Carta XXXVIII – “Informe e justificação jurídica do uso de armas de fogo pelos índios, apresentados pelos jesuítas do Paraguai, ano 1639”; Carta de Diogo de Boroa e outros: “Mataran los sacrílegos Portugueses al Padre Diogo de Alfaro, Superior de las Missiones y Comissário del Santo Oficio”; e também em “Carta do Cabido Eclesiástico de Assunção ao Vice do Peru, em 18 de abril de 1639”, in Jaime Cortesão, Manuscritos da Coleção De Angelis III. Jesuítas e Bandeirantes no Tape (1615-1641), Biblioteca Nacional, 1969.].
Os bandeirantes rasgaram o ofício e botaram para correr os missionários de Barueri. Não era o primeiro enfrentamento direto contra os enviados do Vaticano. Nem seria o último. Em 18 de abril de 1639, uma das maiores autoridades da Igreja nas Américas, o comissário da Inquisição e reitor do Colégio de Assunção, Diogo de Alfaro, foi assassinado com um tiro no rosto quando tentava punir outro grupo de bandeirantes, que incluía André Fernandes, fundador de Santana de Parnaíba, e seu irmão, Baltazar Fernandes, fundador da vila de Sorocaba — foi Baltazar, aliás, quem disparou a arma. Antes desses incidentes, entre 1628 e 1629, uma expedição que partiu de São Paulo varreu todo o esforço missionário na região que atualmente compreende Paraná, Santa Catarina e Mato Grosso do Sul.
[28348] Novos elementos para a história de São Paulo Paulistas cristãos-novos contra os jesuítas - Anita Novinsky Universidade de São Paulo; Faculdade de Filosofia, Letras e Ciências Humanas 01/01/2005 [28299] “Raposo Tavares: A vingança de um judeu”, Aventuras na História 22/08/2019
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