Embora a campanha para a sua beatificação tenha sido iniciada na Capitania da Bahia em 1617, só foi beatificado em Junho de 1980 pelo papa João Paulo II.[10] Ao que se compreende, a perseguição do marquês de Pombal aos jesuítas havia impedido, até então, o trâmite do processo iniciado no século XVII.
Em 1622, na cidade do Rio de Janeiro, várias senhoras da cidade de São Paulo, entre elas Suzana Dias e Leonor Leme, que o conheceram, depuseram em seu favor no processo de beatificação. Leonor Leme, matriarca da família Leme paulista, uma das depoentes, disse que "assistiu ela à primeira missa celebrada em São Vicente pelo Padre José de Anchieta, em 1567, e que com ele se confessou depois muitas vezes".
“ Todos o tinham por santo publicamente! ”E Ana Ribeiro, no mesmo processo, declarou que: durante algum tempo com ele se confessou em São Vicente. Relatou um milagre acontecido com seu filho, Jerônimo, que então contava dois anos de idade. Estava há três dias sem se alimentar. Apresentou-o ao Padre Anchieta, que passava pela sua porta. "Deixe-o ir para o céu", disse Anchieta. Isso à noite. No dia seguinte o menino estava bom, inclusive de uma ferida incurável que até aí tinha no rosto. Todos reconheceram o milagre: nem um sinal! Narrou outro episódio, em que tomou parte seu marido Antônio Rodrigues, que abandonou um índio que estava enfermo havia 5 anos. Voltando Anchieta à Vila de São Vicente pede a Antônio que tratasse do índio. Fazendo-se vir o índio de São Paulo para São Vicente, onde ficou internado em casa dos padres destinada aos índios, lá o medicou Rodrigues três ou quatro vezes. Sarou prontamente. A cura foi atribuída a Anchieta. De relíquia, possuía um dente dele. Sobre Anchieta disse ser ele homem milagroso, apostólico, celeste.[1]
