Quanto ao local de nascimento é São Paulo, aí residiam os Fernandes, antes de se mudarem para as suas terras à margem do rio Tietê, onde André Fernandes e sua mãe, Suzana Dias, fundariam mais tarde (1625) a vila de Santa Ana de Parnaíba. Não tem sentido a hipótese apresentada por alguns historiadores; de que Baltazar teria nascido em 1580, em Santa Ana de Parnaíba e, mesmo se admitindo essa tese, Baltazar continua sendo paulistano, pois nessa época tudo era São Paulo.
O historiador Adolfo Frioli, em palestra proferida no Instituo Genealógico Brasileiro, em São Paulo, no ano de 1986, anotou que, "Baltazar Fernandes, nascido em 1580, no Ibirapuera, acompanhou sua mãe e os irmãos na mudança para o sertão. Deveria estar menino, pelo menos com 9 anos e, no contato com a vida agreste, formou a sua mentalidade sertanista, esperando seguir, um dia, para o oeste desconhecido, na trilha dos seus parentes mais velhos. Na mocidade, participou do chamado bandeirismo escravagista". [“Baltazar Fernandes: Culpado ou Inocente?”. Sérgio Coelho de Oliveira, jornalista e historiador. Página 21]
