Enquanto, sem esperança de cura, era tratado no Colégio de Coimbra, pedidos insistentes de novos missionários chegavam do Brasil. “Por conselhos médicos”, Anchieta foi enviado ao Brasil. Quando chegou ao Brasil, Anchieta tinha dezenove anos. Veio na frota de D. Duarte da Costa, nomeado segundo governador geral, na terceira leva de jesuítas enviados ao Brasil. Partiram de Lisboa no dia 8 de maio de 1553 e chegaram a Salvador, em 13 de julho do mesmo ano.