Sendo sepultado em um túmulo provisório, teve seu corpo exumado em 1526, quando também havia falecido sua esposa, Isabel de Castro e, enterrado novamente ao lado dela, só que desta vez na igreja Nossa Senhora da Graça.

O túmulo permaneceu esquecido por muito tempo, até muitos turistas passaram a questionar o motivo pelo qual a lápide homenageava apenas a esposa de Pedro Álvares.