A bula Vox Clamantis de Clemente V decretava, em 1312, a abolição da Ordem do Templo. Posteriormente o Papa ordena que os bens desta, em toda a cristandade, sejam entregues aos Hospitalários.
Porém D. Dinis, não acatando esta ordem, anexa provisoriamente à coroa os bens dos Templários, e habilmente inicia diligências junto da Santa Sé para a criação de uma nova milícia religiosa, alegando a necessidade de defender Portugal do Islão que avizinhava as fronteiras do reino, no Norte de África e no Andaluz. Ao fim de quatro anos de negociações D. Dinis obtém a autorização para fundar a nova ordem religiosa militar.
A 19 de Março de 1319, por bula de João XXII é instituída a Ordo Militae Jesu Christi, ou Ordem Militar de Nosso Senhor Jesus Cristo, na qual D. Dinis vai incorporar os cavaleiros, os bens e os privilégios da extinta Ordem do Templo. A nova milícia vai ter inicialmente a sua sede junto à foz do Guadiana, em Castro Marim. O seu primeiro Mestre será D. Gil Martins da Ordem de Avis.A Ordem de Cristo segue, como no tempo dos Templários, a regra de Cister e o abade de Alcobaça continua a ser o seu juiz espiritual e visitador. Semelhante ao dos Templários, o hábito dos cavaleiros é branco com a cruz vermelha, mas a sua forma é ligeiramente diferente: enquanto a templária tinha os braços curvos, na milícia de Cristo a cruz passa a ter os braços direitos com serifas nas pontas e vazada a branco no meio.A nova Cavalaria mantém a subordinação ao rei, sendo necessária a sua aprovação para todos os actos de administração, alienação de bens, alteração de costumes, destituição de freires ou comendadores.Em 1357 a sede da Ordem de Cristo é instalada na antiga sede templária, o castelo de Tomar, onde se mantém definitivamente.Após 1417, por morte do Mestre D. Lopo Dias de Sousa, D. João I obtém da Santa Sé a nomeação do seu filho, o Infante D. Henrique, para governador e regedor da Ordem de Cristo.O Capítulo reunido em Tomar em 1421, marca o início das reformas que o Infante vai fazer no seio da milícia. Aí foi adoptada a Regra da Ordem de Calatrava, pela qual a Ordem fica liberta da dependência espiritual e obediência a Cister, mantendo mesmo tempo o estatuto de freires para os cavaleiros.A Ordem vai abrir-se à vida laica e à sociedede civil com a descoberta de novas terras e novos mares, a qual passa a ser missão da Cavalaria de Cristo. É com o Infante que os Cavaleiros se tornaram navegantes e que muitos navegantes se tornaram cavaleiros de Ordem de Cristo. Para tal, o príncipe obtém do Papa a instituição do voto parcial de pobreza permitindo que o cavaleiro, e por herança a sua família, beneficiasse de um terço dos bens que almejasse para a Ordem.No campo espiritual vai introduzir na ordem um ramo de freires contemplativos, com o fim de rezarem por aqueles que andavam no além-mar e de formar padres para a evangelização e povoamento dos novos territórios. Fica assim a Ordem definitivamente vinculada ao espiritual das terras descobertas.Ao designar como seu herdeiro universal o segundo filho do rei D. Duarte, o seu sobrinho D. Fernando, o Infante vai consagrar o exercício da governação da Ordem à família real. É assim que D. Manuel, na linhagem, sobrinho neto do Infante, vai receber com a idade de 14 anos o mestrado da Ordem de Cristo. Mais tarde, por morte prematura do herdeiro real, será D. Manuel que D. João II desinará como seu sucessor no trono. Entre 1495 e 1521 D. Manuel é rei de Portugal, governador e regedor da Ordem.É com D. Manuel que a Ordem terá o seu mais profundo envolvimento na empresa dos Descobrimentos, tanto no espiritual, entregando à Ordem o eclesiástico das paróquias do ultramar, como no temporal, com a dispensa do voto de castidade para os cavaleiros que quisessem fundar família nas terras de além mar. A Ordem fica com D. Manuel detentora de um imenso poderio espalhado por todo o império português.D. João III, com uma visão de Estado completamente diversa da do seu pai, vai perpetrar uma dramática e profunda reforma na Ordem. Consumados os Descobrimentos, e influenciado pelo espírito da Contra-Reforma da Igreja de Roma, D. João III, constringe os freires religiosos da Ordem à observância de uma vida de clausura.O protagonista desta reforma será o confessor do rei, Frei António da Silva, dito de Lisboa, religioso dos Jerónimos de Guadalupe. D. João III obtém também da Santa Sé o direito de os reis portugueses advirem perpetuamente mestres da Ordem de Cristo.Quando Portugal perde a sua independência, em 1580, o rei espanhol Filipe II, herdeiro do trono português, torna-se também mestre da Ordem de Cristo, assim como os monarcas espanhóis que lhe sucederam.Com a restauração da independência de Portugal em 1640, o novo rei português, D. João IV restabelece o ramo da cavalaria na Ordem de Cristo com uma original inovação: Os novos cavaleiros advêm irmãos religiosos seculares da Ordem. Estes viviam fora do convento com as suas famílias e tinham uma regra especial para a sua vida secular. A missão destes cavaleiros era principalmente de lutar na guerra da Restauração.O carácter de cavaleiros religiosos laicos é definitivamente consagrado em 1779 pela reforma de D. Maria I. Em 1834 com a extinção das ordens religiosas masculinas a Ordem de Cristo é extinta, mas D. Maria II, decide manter a Ordem de Cristo enquanto Ordem Honorifica. A Ordem de Cristo mantêm actualmente essa dignidade sendo o seu Grão-Mestre o Presidente da República Portuguesa.
