Já o nosso Francisco, o neto, acompanhou a armada de Dom Sebastião na malfadada batalha de Alcácer-Quibir na conquista do Marrocos, comandando um dos galeões da armada real, cujo almirante era seu tio D. Diogo de Souza.
Começou-se a preparar uma grande armada, acompanhada de uma mobilização geral de homens de armas por todo país. Em 24 de junho de 1578, os 500 navios da armada portuguesa deixaram Lisboa rumo à África desembarcando em Tânger.
Era um exército composto por cerca de 15 mil a 23 mil homens, incluindo nobres, generais veteranos, mercenários e aventureiros alemães, castelhanos, holandeses e italianos. A maioria dos soldados era inexperiente, mal preparada e com pouca coesão. O exército estava equipado com 36 canhões.
A gravidade do momento foi bem compreendida pelos marroquinos que proclamaram a jihad contra os portugueses. Vieram combatentes de várias regiões do mundo islâmico. Mosquetes e canhões foram adquiridos dos turcos e dos ingleses.
Três reis estavam envolvidos nesta batalha: D. Sebastião, de Portugal, seu aliado emir Mulei Mohammed, e o sultão Abu Maruane Abdal Malique (que as fontes portuguesas chamam de Mulei Maluco) que tomara o poder. Por esta razão, a batalha de Alcácer-Quibir é muitas vezes referida como a Batalha dos Três Reis.
D. Francisco de Sousa que, antes de vir para a América, serviu em Tânger e comandou em 1578 a frota que levaria D. Sebastião à trágica jornada de Alcácer-Quibir. Político hábil e erudito, sabia moldar-se a situações diversas, o que lhe valeu a alcunha de D. Francisco “das manhas”. Esse D. Juan de metas impossíveis dá os primeiros passos do bandeirismo enviando homens nos rumos do Sabarabuçu, Cataguases, Goiás e Mato Grosso.
