Ao voltar em novembro de 1842, ele descobriu que os rebeldes, enfraquecidos após anos de conflito, haviam sido forçados a recorrer a táticas de guerrilha e, quando ameaçados, fugiam para o Uruguai. Assim como havia feito no Maranhão,[105] São Paulo[106] e Minas Gerais,[107] Caxias colocou espiões infiltrados no inimigo para conseguir informações e fomentar discórdia.[108] O historiador Roderick J. Barman disse que ele "demonstrou talentos militares, organizacionais e políticos essenciais para o que é hoje chamado de contra-insurgência".[109]
