Dom Macedo teve o mesmo destino, preso em 28 de abril. E ambos, em seus julgamentos, continuaram calados, alegando que "Jesus Cristo também se calou", numa referência à atitude de seu mestre quando seus inimigos o acusaram diante de Caifás.

No entanto, ambos contaram com defensores que se apresentaram espontaneamente. Mas a despeito da habilidade dos advogados, e da retórica emocionada que desenvolveram, o veredito do júri foi implacável e de certa forma previsível, movido pelo aspecto político da questão, condenando-os a quatro anos de prisão com trabalhos forçados, penalidade a ser cumprida o primeiro no Forte de São João, e o segundo na fortaleza da Ilha das Cobras. Pouco depois as sentenças foram comutadas em prisão simples.[40][41]

No dia 28 de abril de 1874, pela suas convicções ultramontanistas, foi preso e condenado a quatro anos de prisão com trabalhos forçados por crime de sedição, com ele estava Dom Vital Maria Gonçalves de Oliveira, bispo de Olinda e Recife.