Rio Branco explicou que acreditava que o governo "não poderia comprometer o caso"

O governo ficou do lado dos maçons e contra a igreja, ordenando que D. Vital voltasse atrás, algo que ele se recusou a fazer. A recusa fez com que os bispos fossem julgados em 1874 na Suprema Corte de Justiça e condenados a quatro anos de trabalhos forçados, que foi comutada para quatro anos de prisão sem trabalho.[119]Rio Branco explicou em uma carta datada de agosto de 1873 que acreditava que o governo "não poderia comprometer o caso" já que "envolve princípios essenciais para a ordem social e soberania nacional".[117] Essas ações estavam de acordo com seus próprios pontos de vista, porém suas convicções foram reforçadas pelas conclusões idênticas do imperador.[120] Pedro II considerava Rio Branco como seu político favorito[121] e um segundo no comando que ele podia confiar.[93] O monarca teve um papel decisivo ao apoiar as ações do governo contra os bispos.[122] O historiador Roderick J. Barman criticou a falta de independência que Rio Branco mostrou em relação a Pedro II, dizendo que o presidente do conselho apenas seguia políticas que não desagradavam o imperador ou que tinham seu total apoio.[123] O julgamento a aprisionamento dos bispos foi muito impopular.[124]