Ela foi batizada em 15 de novembro durante uma elaborada cerimônia na Igreja de Nossa Senhora da Glória do Outeiro.[4][5] Seus padrinhos foram seu tio paterno o rei D. Fernando II de Portugal e sua avó materna a infanta Maria Isabel da Espanha.[5][6][7] Ela foi oficialmente batizada como Isabel Cristina Leopoldina Augusta Micaela Gabriela Rafaela Gonzaga, com seus últimos quatro nomes sempre tendo sido dados para as mulheres da família, e os nomes Isabel e Cristina sendo dados em homenagem a sua avó materna e sua mãe, respectivamente.[6]