Em 3 de novembro de 1709, como consequência da Guerra dos Emboabas (1707-1709), que demonstrara a fragilidade do controle de Coroa Portuguesa sobre a região das recém-descobertas minas de ouro (visto que o governador da capitania de São Vicente residia na capitania do Rio de Janeiro — esta separada daquela em 1567), o ramo sul da antiga capitania de São Vicente, separada da do Rio de Janeiro, e a capitania de Santana foram fundidas e transformadas na Capitania de São Paulo e Minas do Ouro.A capitania recém-criada incorpora as seguintes vilas pré-existentes:

- Cananéia
- Curitiba
- Guaratinguetá
- Iguape
- Itanhaém
- Jundiaí
- Laguna
- Mariana
- Mogi das Cruzes
- Paranaguá
- Santos
- São Francisco do Sul
- São Paulo
- São Vicente
- Sorocaba
- Taubaté
- Ubatuba [0]

Paranaguá foi unida a São Vicente e Santo Amaro para formar a Capitania de São Paulo [0]

Com a descoberta de minas de ouro, capitanias particularesforam retomadas pelo governo português, tornando-se capitanias reais. Assim, no ano de 1709, a Coroa Portuguesa comprou as Capitanias de São Vicente e Santos de Seus antigos donatários, criando, com a Carta régia de 23 de novembro de 1709, a Capitania Real de São Paulo e Minas de Ouro, com sede em Ouro Prelo, a qual compreendia osatuais territórios de São Paulo. Minas Gerais, Goiás, Mato Grosso, MatoGrosso do Sul, Paraná, Santa Catarina e Rio Grande do Sul, até aColônia do Sacramento. [Revista do IHGP - Vol.13]