Rafael Tobias de Aguiar faleceu em viagem da cidade de Santos para o Rio de Janeiro, a bordo do vapor Piratininga, aos 63 anos, era quarta-feira, dia 7 de Outubro de 1857.¹

Seu corpo havia chegado à São Paulo em 20 de outubro, e foi velado na Capela particular da Igreja da Misericórdia até o dia 25.

Com todas as honras, foi sepultado na Igreja de São Francisco, sala dos Jazigos da Ordem Terceira.²

O inventário de Rafael Tobias relaciona, em Sorocaba, seis casas de sua propriedade na rua das Flores, atual rua Monsenhor João Soares, sendo cinco de "dois lanços" (andares) e cinco casas, três delas de dois pavimentos no Largo do Rosário.³