D. Francisco de Souza, por patente de 2 de janeiro de 1608, teve ordem para passar á parte sul dos estados de seu governo, seguido de Frei Vicente do Salvador em descoberta de minas de ouro e prata com a promessa de que se as realizasse seria elevado á categoria de marques de Minas, com pensão anual de 30 mil cruzados.
De feito, empreendendo a viagem conseguiu a descoberta das minas de Jaraguape na vila de São Paulo em terras, que foram do Conselheiro da fazenda Antonio José da Franca e Horta e mais as de Varasoiaba no distrito de Sorocaba, e as que pertenceram á fábrica de ferro: ai morreu ele depois de ter superado tantos trabalhos e fadigas sem ter conseguido o título de Marques, que constituía o alvo de todas as suas ambições.
Note-se que D. Diogo foi nomeado, em 1606, governador de todo o Estado. Mas, aqui chegando em fins de 1607 e tomando posse a 7 de janeiro seguinte, pela mesma época, isto é, a 2 de janeiro de 1608, nomeou o rei Filipe III a D. Francisco de Sousa governador da chamada “Divisão do Sul”. Compreendia esta as capitanias do Espirito Santo, Rio de Janeiro e São Vicente, as quais foram então retiradas da jurisdição de D. Diogo, que contra a diminuição muito se queixou, porém inütilmente.
Lá D. Francisco de Sousa desenvolveu as suas habilidades convencendo o Governo Espanhol da existência das famosas minas,
conseguindo que o Governo do Brasil fosse dividido em dois, dele retirando as capitanias de Espírito Santo, Rio de Janeiro e S. Vicente, que passaram a constituir a repartição do sul e dela foi encarregado o próprio D. Francisco para a conquista e administração das minas descobertas e de todas as mais que ao adiante se acharem nas três capitanias. (Carta de 2 de janeiro de 1608). [p.287]
Datam de 2 de janeiro de 1608 esse alvarás, esboçando o sistema instituído pela metrópole para fomentar o desenvolvimento de minas e organizar o aproveitamento delas.
Para o historiador paulista Afonso de Taunay, por exemplo, D. Francisco era “delegado e homem de confiança de Felipe II”; Sérgio Buarque de Holanda o chamava de “homem dos filipes”; Francisco de Carvalho Franco de “cortesão” e “vigia fiel” de Felipe II. Roseli Santaella se perguntou o quanto a sua designação para governador da Repartição Sul, em 1608, teria ferido o Acordo de Tomar, já que a nomeação passou ao largo do Conselho de Portugal. De fato, Souza costurou grande parte de suas alianças e relações na corte espanhola, passando muitas vezes ao largo das redes lusitanas.
No próprio Conselho de Portugal, vários dos conselheiros lhe eram desfavoráveis, embora contasse com o constante apoio de Henrique de Souza. A habilidade de D. Francisco esteve, também, em sobreviver em sua credibilidade apesar das mudanças de rei. Com a morte de Felipe II, em 1598, o ainda governador teve de acionar formas de manter seu posto e seus projetos. Para tanto, algum tempo após o fim de seu mandato como governador geral, em 1606, voltou a Portugal, e, depois, a Valladolid, para onde havia se transferido a corte de Felipe III, aproximando-se ali do Duque de Lerma, o todo poderoso valido do novo rei. [Página 106]
D. Francisco de Sousa foi nomeado capitão-general e governador do distrito das três Capitanias de São Vicente, Espírito Santo e Rio de Janeiro e da conquista e administração das minas descobertas e por descobrir nas ditas capitanias, por alvará de 2 de janeiro de 1608, mas só depois de um ano veio tomar conta de seus cargos. Trazia elementos para bem desempenhar-se de sua missão, a que deu promissor início; a morte colheu-o, porém, a 11 de junho de 1611, na ausência do filho mandado à Espanha com as amostras do ouro das minas, e tomado por corsário na viagem.
Por carta régia, a 2 de Janeiro de 1608, foi novamente nomeado para o governo do Brasil, mas desta vez das capitanias do Sul (S. Vicente, Espírito Santo e Rio de Janeiro) que se desligaram, pela segunda vez, do governo da Baía. Recebeu ainda a superintendência das minas, os privilégios de Gabriel Soares de Sousa que se tinha proposto à exploração destas, o título de "grande" enquanto decorresse o seu governo, o direito de nomear alguns oficiais e uma guarda pessoal composta por vinte homens. Teve ainda a promessa do título de marquês, quando as minas começassem a ser exploradas, no primeiro lugar que povoasse, recebendo um quinto dos rendimentos, título que não chegou a gozar por ter morrido, a 11 de Junho de 1611, na vila de São Paulo.
As descobertas de minas nas capitanias de Espírito Santo, Rio de Janeiro e São Vicente provocou a criação de um Estado separado, a chamada Repartição do Sul, em 1608, com governo próprio e independente do governo-geral estabelecido em Salvador. Para o cargo de governador e capitão-general foi nomeado Francisco de Sousa, que também ficou encarregado da administração das minas por um período de cinco anos. O alvará de 2 de janeiro de 1608 instituiu os cargos de mineiros de ouro, de ouro de betas e também de prata, pérolas, esmeraldas e salitre para os trabalhos de exploração dessa área.
